Ab 1732: Frühe Spuren vor allem im Welschland
In die Schweiz kam die Freimaurerei aus verschiedenen Richtungen: 
Schon im Jahre 1732 stellte der damalige Grossmeister der englischen Grossloge, Anton Brown, Lord Vicomte Montagu, einer in Lausanne zu gründenden Loge das Konstitutionspatent aus. Doch es verstrichen sieben Jahre, bis hier einige englische Adelige die Loge La Parfaite Union des Etrangers gründeten.
Die Maurerei breitete sich in der westlichen Schweiz rasch aus.
Unterdessen hatte 1736 der ehemalige englische Bankier George Hamilton in Genf die erste Loge auf Schweizer Boden gegründet: Société des Maçons Libres du parfait Contentement.
1803-2008: Mehr Logen in der Deutschschweiz
In Bern selbst gab es seit 1741 zwar immer wieder geheime Zusammenkünfte von Freimaurern, doch erst im Jahre 1803 wurde hier eine Loge A l’Espérance ins Leben gerufen, die noch heute als die Loge Zur Hoffnung besteht. Nun kam es rasch zu zahlreichen Logengründungen in Lausanne (1805) und Basel (1808), Aarau (1811), Chur (1817), St. Gallen (1818), La Chaux-de-Fonds (1919), Vevey/ Aigle (1820) und Winterthur (1821).
In der zweiten Hälfte des 19. Jahrhunderts wurde ein weiteres Dutzend Logen im Welschland gegründet; ferner die erste im Tessin (1883). Zwar gab es schon seit 1850 in der Innerschweiz, in Luzern, eine «freimaurerische Konferenz», doch erst 1904 wurde daraus eine Loge.
Auch in der ersten Hälfte des 20. Jahrhunderts wurden 10 weitere Logen in der Schweiz gegründet. In der zweiten Hälfte wurden – meistens infolge Abspaltungen – nicht weniger als 38 neue Logen gebildet.
Im 21. Jahrhundert sind bereits wieder vier neue Logen entstanden.
Zusammenfassend: Alle diese Logen arbeiteten nach unterschiedlichen freimaurerischen Systemen. Wohl gab es Zusammenschlüsse von Logen in der Romandie und seit 1822 sogar eine Grande Loge Nationale Suisse, der aber weder Zürcher noch Basler Logen angehörten.
Einzelne Kantonsregierungen verboten die Freimaurerlogen, doch ohne grossen Erfolg. Man löste die Loge zwar auf, traf sich aber trotzdem weiter. Vor allem in den protestantischen Kantonen der Westschweiz wurden zahlreiche Logen, bis in die Kleinstädte hinein, ins Leben gerufen. Das Bedürfnis nach einem Zusammenschluss war da. Es bedurfte aber jahrelanger Verhandlungen, bis 1844 die Schweizerische Grossloge Alpina in Zürich gegründet werden konnte.
1844: Die Gründung der Schweizerischen Grossloge Alpina
Ein wichtiges Ereignis für die Schweizerische Freimaurerei ist mit dem Wilden Mann verbunden. Hier fand die Gründung der Schweizerischen Grossloge Alpina im Jahre 1844 statt. Es brauchte viele Jahre, bis sich die Freimaurerlogen der Schweiz «unter einem Dach» vereinigen konnten. Die entscheidenden Impulse für die Schaffung einer nationalen Grossloge gingen von der Loge Zur Hoffnung in Bern aus. Diese Loge hatte schon 1822 die Grande Loge Nationale Suisse gegründet, welcher sich aber nur einige Logen der Westschweiz angeschlossen hatten.
Die Schweizerische Grossloge Alpina wurde nach langen Geburtswehen an einer grossen Feier, die vom 22. bis 24. Juni 1844 in Zürich stattfand, ins Leben gerufen. Vierzehn Schweizer Logen schlossen sich zum Schweizerischen Logenverein Alpina zusammen; später wurde der Name geändert in: Schweizerische Grossloge Alpina. Die vierzehn Gründerlogen, die zusammen 774 Mitglieder zählten, waren:
Zur Brudertreue in Aarau,
La Constance in Aubonne,
Zur Freundschaft und Beständigkeit in Basel,
Zur Hoffnung in Bern,
La Réunion in Bex (seit 1877 Progrès et Vérité),
L’Amitié in La Chaux-de-Fonds,
L’Amitié in Genf (1874 eingegangen),
La Prudence in Genf (seit 1871 Fidélité et Prudence),
Espérance et Cordialité in Lausanne,
Les Vrais Frères Unis in Le Locle,
Frédéric Guillaume La Bonne Harmonie in Neuenburg (seit 1848 nur noch La Bonne Harmonie),
La Constante in Vevey (seit 1882 Constante et Avenir),
Akazia in Winterthur und
Modestia cum Libertate in Zürich.
Nicht an der Gründungsfeier anwesend waren die Logen La Chrétienne des Alpes von Aigle und La Vraie Union Helvétique von Nyon (seit 1854 nur noch La Vraie Union); sie wurden nachträglich (1846 resp. 1856) aufgenommen. Heute zählt die Schweizerische Grossloge Alpina insgesamt 81 Logen mit rund 3600 Mitgliedern.